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주택 세제에서 특례 규정은 주택의 취득·보유·양도 순서와 거래 시점에 따라 납세자가 부담할 세액을 크게 바꿀 수 있는 판단 기준이 된다. 
따라서 법령 개정 시에는 변경된 요건뿐만 아니라 언제부터 적용하는지, 기존 특례 대상자에게는 어떤 경과규정이 적용되는지를 꼼꼼히 살펴야 한다.
2026년 8월 3일 발표된 세제개편안에 이어 9월 29일 관련 일부 시행령 개정안이 국무회의에서 의결되었다. 주택 관련 주요 변화는 일부 주택 특례의 적용요건을 강화하거나 적용기한을 명확히 하는 한편, 비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 세제지원은 연장했다는 점이다. 이하에서는 주요 개정 내용을 살펴보고, 각 제도가 주택 관련 세무 실무에 미치는 영향과 유의사항을 짚어보고자 한다.

1. 조정대상 일시적 2주택 : 종전주택 처분기한 단축
일시적 2주택 특례는 기존 주택을 보유한 1세대가 신규주택을 취득해 일시적으로 2주택자가 된 경우, 일정 기간 내 종전주택을 처분하면 1세대 1주택에 적용되는 세제 혜택을 인정하는 제도이다. 그러한 특례는 「소득세법」, 「종합부동산세법」 및 「지방세법」에서 각각 규정하고 있으며, 세목별로 양도소득세, 종합부동산세 및 취득세에 대한 특례를 두고 있다. 

이번 개정에 따라 조정대상지역 내 종전주택을 보유한 상태에서 조정대상지역 내 신규주택을 취득한 경우, 각 세법에 따른 일시적 2주택 특례의 종전주택 처분기한이 기존 3년에서 2년으로 동일하게 단축되었다. 
다만 2026년 8월 3일(취득세의 경우 2026년 8월 26일) 이전에 신규주택을 취득하였거나, 매매계약을 체결하여 계약금을 지급한 것이 확인되는 경우에는 종전 규정을 적용한다. 그렇기 때문에 등기부상 취득일만 확인하는 것으로는 충분하지 않다. 
계약서 작성일과 계약금 지급내역을 확인하고, 관련 자료를 보관해 경과규정 적용 여부를 설명할 수 있도록 해야 한다.




2. 조정대상지역 매입임대 아파트 : 중과배제 특례의 양도기한 신설
2020년 민간임대주택 제도 개편으로 일부 장기 매입임대 아파트와 단기 매입임대 유형이 폐지되고, 해당 주택은 의무임대기간이 끝난 뒤 등록이 말소(이하 ‘자동말소’)되는 구조가 됐다. 종전에는 일정 요건을 충족하면 자동말소 이후에도 기간 제한 없이 다주택자 양도소득세 중과배제나 법인의 주택 양도 추가과세 배제 등 특례가 적용될 수 있었다.

이번 개정은 자동말소된 매입임대 아파트에 대해 기존 특례를 적용할 수 있는 양도기한을 설정했다. 원칙적으로 2027년 12월 31일까지 양도해야 종전의 중과배제 등 특례를 적용받을 수 있다. 다만 일부 자동말소된 매입임대 아파트에 대해서는 예외적으로 기한을 연장해주고 있는데, 2027년 1월 1일 현재 의무임대기간이 종료되지 않은 주택과 2027년 1월 1일 이후 조정대상지역으로 새롭게 지정된 지역의 경우 자동말소일 또는 조정대상지역 공고일부터 1년 이내로 기한이 연장된다. 

뿐만 아니라 2027년 12월 31일 또는 앞서 말한 연장된 기한 이전에 재건축은 조합설립인가, 재개발은 관리처분계획인가가 있는 경우 이전고시일부터 1년까지 특례를 적용받을 수 있는 기한이 연장된다.

매입임대 아파트 자체를 양도할 때 적용되는 중과배제 특례와 주택임대사업자가 거주주택을 양도할 때의 1세대 1주택 비과세 특례는 구별해야 한다. 거주주택을 양도할 경우 자동말소일부터 5년간 거주주택 비과세 특례를 적용하는 현행 규정은 그대로 유지된다. 




3. 상생임대주택 : 양도기한 신설
상생임대주택 특례는 일정한 요건을 갖춘 임대차계약에서 임대료 증가율을 5% 이내로 제한하는 등 상생임대 요건을 충족한 경우, 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제 적용에 필요한 2년 거주요건을 면제하는 제도이다. 

기존에는 임대료 인상률과 임대기간의 요건만 충족하면 되었으나, 이번 시행령 개정으로 양도기한이 설정되어 기존에 이미 상생임대주택 요건을 충족하였다 하더라도 정해진 기한 내에 양도해야 혜택을 받을 수 있게 되었다.

상생임대기간이 2026년 12월 31일 이전에 종료된 경우에는 2027년 12월 31일까지 양도해야 하며, 상생임대기간이 그 이후 종료되는 경우에는 임대기간 종료일부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도해야만 상생임대주택 특례가 적용된다.


4. 비수도권 준공 후 미분양주택: 세제지원 1년 연장
비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 세제지원은 1년 연장되어 기존에는 2026년 12월 31일까지 대상주택을 취득해야 했지만, 2027년 12월 31일까지 연장되었다. 연장된 세제혜택은 양도소득세와 종합부동산세 계산 시 주택 수에서 제외하는 특례, 기업구조조정 부동산투자회사의 종합부동산세 합산배제, 법인의 주택 양도 추가과세 배제 등이 포함된다.

이번 시행령 개정은 주택 관련 세제특례의 적용요건뿐만 아니라 양도기한과 경과규정까지 함께 살펴야 한다는 점에서 실무상 의미가 크다. 더욱이 수도권의 토지거래허가구역 지정 확대와 대출규제 등으로 매매 절차가 지연되거나, 임차인과의 협의 및 매수자의 자금 조달 문제로 거래가 계획대로 진행되지 않을 가능성도 있다. 
이러한 변수는 자칫 법령에서 정한 처분기한을 넘기는 결과로 이어질 수 있는 만큼, 주택별 특례 적용요건과 처분기한을 미리 확인하고 거래 일정을 면밀히 검토하여 세 부담 증가에 대비할 필요가 있다.