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부동산을 교환하면 각 당사자는 기존 부동산을 이전하고 상대방의 부동산을 새로 취득하게 된다. 이 과정에서 기존 부동산에는 양도소득세가, 새로 취득하는 부동산에는 취득세가 발생한다. 
또한, 교환하는 부동산의 시가에 차이가 있는 경우에는 증여세도 문제된다.
이하에서는 부동산 교환거래에서 발생하는 주요 세금과 절세방안을 살펴보도록 하겠다.


1. 부동산 교환거래의 양도소득세
부동산을 서로 교환하면 각 당사자가 자신이 보유하던 부동산을 양도한 것으로 보아 각각 양도소득세를 계산한다.
다만 주택을 교환하는 경우에는 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하면 양도소득세 비과세를 적용받을 수 있다. 이때 비과세 적용 여부는 양도일 현재의 주택 수, 보유기간 및 거주기간 등을 기준으로 판단한다.


2. 교환거래의 양도가액
「소득세법」 제96조 제1항에서는 부동산의 양도가액을 양도 당시의 실지거래가액에 따라 계산하도록 규정하고 있다.
교환거래에서는 상대방으로부터 취득하는 부동산이 양도의 대가가 되므로 실지거래가액이 확인되는 경우에는 취득하는 부동산의 가액에 추가로 지급받거나 지급하는 금액을 가감하여 양도가액을 계산한다.

예를 들어 국심2007중5191(2008.04.25.)에서는 교환으로 취득한 부동산의 가액 1억9500만원에서 승계한 전세보증금 7300만원을 차감한 1억2200만원에 현금수령액 2500만원을 더하여 1억4700만원을 양도하는 부동산의 실지양도가액으로 보았다.
한편 특수관계인 간 교환에서 양도하는 자산의 거래가액이 시가보다 낮고, 그 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우에는 부당행위계산 규정이 적용되어 시가를 기준으로 양도소득금액을 계산한다.


3. 교환가액의 실지거래가액 인정 여부
국세청 양도소득세 집행기준 96-0-2에서는 교환대상 부동산에 대하여 감정평가법인 등의 객관적인 교환가치를 산정하고 감정가액의 차액을 정산한 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것으로 보고 있다.

대법원은 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반 하는 등으로 목적물의 객관적인 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 위와 같은 과정 없이 당사자 사이의 합의에 의하여 교환대상 목적물의 가액 차이만을 결정하여 그 차액을 지급하는 방식으로 단순교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다고 판시하였다(대법2003두14123, 2004.03.26.; 대법2010두27592, 2012.02.09. 등).
다만 감정평가를 하지 않은 교환에서도 계약서상 평가액, 차액정산, 채무승계 및 금융거래 내역 등을 통하여 실제 약정된 거래가액이 확인된 경우에는 이를 실지거래가액으로 인정한 사례가 있다(대법2014두5620, 2014.07.10.; 조심2011중3041, 2011.10.27.; 조심2012중968, 2012.04.26. 등).

한편 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 「소득세법」 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2에 따른 추계방법에 따라 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 및 기준시가 등을 적용하여 양도가액 또는 취득가액을 산정한다.


4. 부동산 교환거래와 증여세
배우자 또는 직계존비속 간에 부동산을 교환하는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제44조에 따른 증여추정 규정이 적용되지 않고 각자의 부동산을 유상으로 양도한 것으로 본다(재일46014-729, 1997.03.27.).

다만 교환하는 부동산의 시가가 서로 다른 경우에는 같은 법 제35조의 저가양수 또는 고가양도에 따른 이익의 증여 규정을 적용한다. 
이 때 특수관계인 간 거래에서는 대가와 시가의 차액이 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액 이상이면 그 기준금액을 초과하는 부분을 증여재산가액으로 한다. 

국세청은 새로 취득하는 부동산의 시가가 이전하는 부동산의 시가보다 큰 경우 이전하는 부동산을 고가로 양도한 것으로 보며, 기준금액 계산 시에는 양도하는 자산의 시가를 적용하는 것으로 회신하였다(재산세과-591, 2010.08.13.; 기준법규재산2024-0162, 2024.12.19.).
한편 특수관계인이 아닌 자 사이의 교환도 거래의 관행상 정당한 사유와 시가 차이 등을 기준으로 증여세가 과세될 수 있다.


5. 교환으로 취득한 부동산의 취득세
교환으로 취득하는 부동산의 과세표준은 ① 교환으로 이전받는 부동산의 시가인정액과 ② 자신이 이전하는 부동산의 시가인정액에 상대방에게 추가로 지급하는 금액 및 상대방으로부터 승계받는 채무액을 더하고, 상대방으로부터 지급받는 금액 및 상대방에게 승계하는 채무액을 차감한 가액을 비교하여 그중 높은 금액으로 한다.

또한, 교환은 유상승계취득에 해당하므로 농지는 3%, 농지 외 부동산은 4%의 표준세율을 적용하며, 주택은 취득당시가액에 따라 1~3%의 표준세율을 적용하거나 주택 수와 소재지역 등에 따라 중과대상에 해당하면 8% 또는 12%의 중과세율이 적용된다.


6. 부동산 교환거래의 절세방안
(1) 비과세 대상 주택의 교환
1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 주택은 교환으로 양도하더라도 비과세를 적용받을 수 있다. 
따라서 장기간 보유하여 양도차익이 크게 누적된 주택을 비과세 요건을 갖춘 상태에서 교환하면 기존 주택의 양도차익에 대한 양도소득세 부담을 줄일 수 있다.

(2) 교환 후 취득가액의 재설정(일명 ‘취득가액 리셋’)
교환으로 취득한 부동산은 교환 당시 거래가액을 기준으로 새로운 취득가액이 형성된다. 
이에 따라 새로 취득한 부동산을 양도할 때에는 교환 당시 형성된 취득가액을 기준으로 양도차익을 계산하게 되어 향후 양도소득세 부담을 줄이는 효과가 발생할 수 있다.

(3) 감정평가를 통한 증여세 절감
시가가 다른 부동산을 교환하는 경우에는 두 부동산의 가치 차이에 대하여 증여세가 발생할 수 있다. 
이 때 교환 전에 양쪽 부동산을 감정평가하고 해당 감정가액이 세법상 시가로 인정되는 경우 감정가액에 따른 두 재산의 시가 차이가 줄어들면 증여세 부담이 감소할 수 있다.

(4) 가족 간 자산승계 활용
부모와 자녀 간 부동산 교환을 통하여 가족 외부로 자산을 매각하지 않고 가족 내에서 부동산의 소유구조를 변경할 수 있다.
특히 부모가 보유한 자산 중 향후 가치상승 가능성이 크거나 지속적인 임대수익이 예상되는 부동산을 자녀가 취득하도록 교환하면 이후 발생하는 가치상승분과 임대수익이 자녀에게 귀속된다. 

이에 따라 장래 부모의 상속재산을 줄여 상속세 부담을 낮추는 효과도 기대할 수 있다.

최근에는 2026년 세제개편안에서 1세대 1주택 장기보유특별공제의 공제구조 변경과 공제한도 신설이 제시되면서 고가주택 간 교환거래도 절세방안의 하나로 거론되고 있다. 
교환거래는 거래 당시의 세금뿐만 아니라 향후 취득가액과 자산승계에도 영향을 미치므로 거래 전 전체 세금효과를 비교하여 진행할 필요가 있다.