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상속이 개시되면 상속재산은 법정상속분에 따라 일단 공동상속인의 공유로 귀속되지만, 이후 협의분할을 통해 각 상속인에게 귀속되는 재산이 확정된다. 이 과정에서 단순히 재산의 귀속만 달라지는 것이 아니라, 각 상속인별 보유 주택 수 및 지분 구조가 달라짐에 따라 양도소득세·취득세·종합부동산세 부담이 크게 달라질 수 있다.
특히 주택을 포함한 상속재산의 경우, 협의분할 결과에 따라 세부담이 크게 달라지므로 사전에 이를 고려한 분할이 필요하다. 이하에서는 상속재산 협의분할이 상속인에게 미치는 주요 세목별 영향을 살펴본다.

1. 양도소득세
상속주택은 일반주택과 달리 일정 요건하에서 주택 수에서 제외되거나 중과가 배제되는 특례가 적용되며, 지분율 및 세대 구성이 판단 요소가 된다.
(1) 1세대 1주택 비과세 특례
상속개시일 기준 피상속인과 별도세대인 상속인이 상속주택을 취득한 경우, 기존에 보유하던 일반주택을 양도할 때 1세대 1주택으로 간주되어 비과세 적용이 가능하다. 
또한 상속주택을 여러 명이 공동소유하는 경우 소수지분자는 기존 보유 일반주택 양도 시 해당 상속주택이 주택 수에서 제외된다.
단, 상속주택이 여러 개인 경우에는 피상속인의 소유기간이 가장 긴 주택, 거주한 기간이 가장 긴 주택, 상속개시당시 거주한 주택, 기준시가가 가장 높은 주택 순으로 선순위 상속주택을 판단하며, 이와 같이 판단된 선순위 상속주택에 한하여 비과세 특례가 적용되므로 주의할 필요가 있다.

(2) 다주택자 중과 배제
상속주택에 대해서는 다주택자 중과세 적용 시에도 예외가 인정된다. 최대지분자의 경우 별도세대인 피상속인으로부터 취득한 선순위 상속주택을 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 경우 중과세가 배제된다. 
반면, 소수지분자의 경우에는 동일세대원으로부터 상속받았더라도, 후순위 상속주택에 해당하더라도 양도 시기와 관계없이 중과세가 배제된다.
즉, 협의분할을 통해 어느 상속인이 최대지분자가 되는지에 따라 향후 양도 시 세부담이 달라질 수 있다.


2. 취득세
상속에 따른 취득은 일반 유상취득과 달리 비교적 낮은 세율이 적용되나, 지분 구조 및 상속인의 주택 보유 여부에 따라 차이가 발생한다.
(1) 상속주택 취득 시 세율
상속으로 주택을 취득하는 경우 원칙적으로 약 3.16%의 취득세율이 적용된다. 다만, 협의분할 결과 가장 큰 지분을 취득하는 상속인이 무주택자인 경우에는 약 0.96%의 세율이 적용될 수 있다. 
따라서 동일한 상속재산이라 하더라도, 최대지분자를 누구로 설정하느냐에 따라 초기 취득 단계에서의 세부담이 달라진다.

(2) 향후 주택 취득 시 주택 수 산정
상속주택은 일정 기간 동안 주택 수 산정에서 제외되는 특례가 적용된다. 상속개시일부터 5년간은 주택 수에서 제외되며, 5년 경과 후에는 최대지분자의 주택 수에 포함된다.
즉, 향후 추가 주택 취득 계획이 있는 경우에는 5년의 유예기간과 최대지분자 여부를 함께 고려할 필요가 있다.


3. 종합부동산세
종합부동산세 역시 상속주택에 대해 일정 기간 주택 수 산정 특례를 인정하고 있으며, 지분율과 공시가격도 기준으로 작용한다.
(1) 1세대 1주택 판정 시 주택 수 산정
상속주택은 상속개시일부터 5년간 주택 수에서 제외되며, 이후에도 지분율이 40% 이하인 경우 또는 지분에 해당하는 주택공시가격이 6억원(비수도권 3억원) 이하인 경우에는 계속하여 주택 수에서 제외된다.

(2) 세율 적용 시 주택 수 산정
세율 적용을 위한 주택 수 계산에서도 동일하게 상속개시일부터 5년간 제외되며, 이후에도 지분율이 40% 이하인 경우 또는 지분에 해당하는 주택공시가격이 6억원(비수도권 3억원) 이하인 경우에는 계속하여 주택 수에서 제외된다.
따라서 협의분할 시 지분율을 40% 이하로 설정하는 경우, 장기적으로 종합부동산세 부담을 완화하는 효과가 발생할 수 있다.

(3) 합산배제 임대주택 관련
피상속인이 임대하던 주택을 상속받은 경우에는 피상속인의 임대기간을 상속인의 임대기간에 합산할 수 있다. 이는 합산배제 임대주택 요건 충족 여부 판단 시 중요한 요소로 작용하므로, 기존 임대이력을 반드시 확인할 필요가 있다.


4. 결론
상속재산 협의분할은 단순한 재산 배분 절차가 아니라, 향후 과세체계 전반에 영향을 미치는 사전 세무전략의 영역이다.
특히 주택의 경우에는 최대지분자 여부, 지분율, 세대 구분, 양도 시점 등에 따라 세 부담이 크게 달라지므로, 협의분할 단계에서부터 이를 종합적으로 고려할 필요가 있다.
결국 동일한 상속재산이라도 어떻게 나누느냐에 따라 세금은 상당한 차이를 보일 수 있으므로, 사전에 세목별 영향을 면밀히 검토한 후 협의분할을 진행하는 것이 바람직하다.