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최근 들어 과거 세제혜택을 위해 장기임대주택으로 등록한 아파트가 자동말소되었거나, 자동말소될 예정인 경우를 상당히 많이 접한다. 이 중 단기임대주택으로 등록하였다가 장기임대주택으로 전환한 경우도 상당하다. 

이 경우 세제혜택 적용 시, 단기에서 장기로의 전환에 따른 임대기간과 관련된 이슈가 발생할 가능성이 높다. 

따라서 이번 글에서는 단기임대주택에서 장기임대주택으로 전환 후 자동말소될 때 임대기간의 측면에서 주택임대사업자의 대표적 세제혜택인 ‘장기보유특별공제 특례적용(「조세특례제한법 제97조의3」)’을 살펴보고자 한다.

 

1. 단기임대주택 → 장기임대주택 전환 후 자동말소 시 의무임대기간충족 여부

과거 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 경우, 민간임대주택특별법에 따른 의무임대기간과 장기보유특별공제 특례적용을 위한 조세특례제한법상 의무임대기간 계산 방법이 다르기 때문에 민특법에 따른 의무임대기간과 세제혜택 적용을 위한 의무임대기간이 동일하다고 할 수 없다.

그럼에도, (구)조세특례제한법시행령 제97조의3 2항 2호에 따라 민특법에 의해 등록한 임대주택이 자동말소된 경우에는 해당 주택을 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 보아 장기보유특별공제 특례공제율을 적용할 수 있었다.
그러나 동 시행령이 2023년 2월 28일 개정되면서 삭제되었고, 이에 따라 해당 시점 이후에 세법상 임대기간을 채우지 못한 채 자동말소된 임대주택을 양도하는 경우 개정 이전처럼 8년 등록 및 임대한 것으로 보아 특례공제율을 적용할 수 있는지에 대해 쟁점이 있었다. 

이와 관련해 국세청은 새로운 유권해석을 내어놓았는데, ‘2020년 12월 31일 이전 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대등록한 장기일반민간임대주택이 자동말소된 경우로서 해당 주택을 2023년 2월 28일 이후 양도하는 경우에도 (구)조세특례제한법시행령 제97조의3 제2항을 적용하여 (구)조세특례제한법 97조의3을 적용할 수 있는 것’이라고 해석했다(사전법규재산2024-768, 2024.12.31.).

즉, 세법상 의무임대기간 8년을 충족하지 못한 채 자동말소된 장기임대주택을 2023년 2월 28일 이후에 양도하는 경우에도 8년 등록 및 임대한 것으로 보아 장기보유특별공제 특례를 적용받을 수 있다.


2. 단기임대주택 → 장기임대주택 전환 후 자동말소 시 의무임대기간 산정 방법

장기보유특별공제 특례적용은 원칙적으로 장기임대주택으로 등록한 경우에 한해서 적용받을 수 있는 세제혜택이다. 
단, 이 때 특례공제율은 전체 양도차익이 아닌 ‘임대기간 중에 발생한 양도차익’에 한정하여 적용하는데, 여기서 임대기간은 임대간주기간(8년)이 아닌 (구)조세특례제한법시행령 제97조의3 제4항에 따라 계산한 임대기간 동안 발생한 양도차익을 의미한다(기획재정부재산-720, 2023.05.25.).

그렇다면 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환 후에 자동말소된 경우, 단기임대주택으로 임대한 기간을 장기임대주택 임대기간에 어떻게 반영할까?

(1) 2019.02.11. 이전 전환 시
2019년 2월 11일 이전에 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 경우에는 최대 5년을 한도로 단기임대주택 임대기간의 50%에 해당하는 기간을 장기임대주택 임대기간에 포함해 산정했다. 

예를 들어 단기임대주택의 임대기간이 2년이 지난 시점에서 장기임대주택으로 전환하는 경우, 임대기간의 50%인 1년이 장기임대주택의 임대기간으로 추가로 포함되었다.

(2) 2019.02.12. 이후 전환 시
그러나 세법이 개정되면서 2019년 2월 12일 이후에 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 경우, 단기임대사업자의 의무임대기간을 한도로 단기임대주택 임대 전체 기간을 장기임대주택의 임대기간에 포함하는 것으로 변경되었다. 

만약, 단기임대주택으로 임대한지 3년이 지난 후에 장기임대주택으로 전환한다면, 전체 임대기간인 3년이 장기임대주택의 임대기간으로 추가 포함된다.
이를 정리하면 아래 표와 같다.




3. 사례 적용

국세청의 유권해석(사전법규재산2021-1563, 2023.06.01.)에 등장한 사례를 바탕으로 위 내용을 적용해보자.

(1) 사실관계
- 2011.04.15. : A아파트 취득
- 2011.04.18. : A아파트 매입임대주택 사업자등록(세무서, 구청)
- 2017.12.20. : A아파트 매입임대주택 → 준공공임대주택(現 장기일반민간임대주택)
- 2020.12.20. : A아파트 의무임대기간 경과에 따른 자동말소
- 2022.04.18. : A아파트 양도

(2) 적용
1) 자동말소 시 의무임대기간 충족여부
→ A아파트가 자동말소되었으므로 해당 주택을 8년동안 등록 및 임대한 것으로 보아 장기보유특별공제 특례공제율 적용가능(위 사례에서 양도는 23.02.28. 전에 이루어졌으나, 이후에 양도가 이루어지더라도 국세청의 신규 유권해석에 따라 적용 가능)

2) 의무임대기간 산정방법
→ A아파트를 2019.02.11. 이전에 장기일반민간임대주택으로 전환하였으므로, 장기임대주택 임대기간에 추가로 포함되는 임대기간은 Min[약 6년 8개월×50%, 5년] = 3년 4개월

이 외에도 장기보유특별공제 특례적용을 받기 위해서는 임대주택 등록시기, 주택면적, 주택가액, 임대료 증액 제한 준수 등 다양한 요건을 충족해야 한다. 

장기보유특별공제 특례적용이 주택임대사업자에 대한 대표적인 세제혜택이고, 그 효과도 상당하기 때문에 요건을 충족하지 못한다면 예상치 못한 세금 부담이 발생할 수 있다. 
따라서 전문가와의 상담을 통해 정확한 요건과 사실관계를 검토하여 진행하는 것을 추천한다.